大便拉稀肛门疼可能由多种原因引起，比如急性肠炎就比较常见，一般来说，急性肠炎导致大便拉稀肛门疼时，可能会在1~2天内出现相关症状。
肠道感染因素
细菌感染： 像大肠杆菌感染肠道后，会引起肠道炎症反应，导致肠道蠕动加快，出现大便拉稀的情况，同时炎症刺激肛门周围黏膜，就会引发肛门疼。通常大便可能会呈黏液脓血便。病毒感染： 轮状病毒感染也是常见原因，儿童更容易受其影响，感染后会出现腹泻症状，大便多为水样便，频繁腹泻刺激肛门，也会让肛门产生疼痛感。
肛门局部病变因素
痔疮： 本身有痔疮的人，当大便拉稀时，频繁的排便动作会刺激痔疮部位，导致痔疮充血、水肿，进而引起肛门疼。尤其是内痔，在腹泻刺激下症状可能加重。肛裂： 有肛裂的患者，大便拉稀时，稀便刺激肛裂的创面，会引发剧烈的肛门疼，而且这种疼通常在排便后还会持续一段时间。
饮食因素
食用刺激性食物： 短时间内大量食用辛辣刺激性食物，如辣椒、生蒜等，这些食物会刺激肠道，导致肠道蠕动紊乱，出现大便拉稀现象，同时也会刺激肛门周围，引起肛门疼。例如一次性吃了很多辣火锅后，很可能出现这种情况。食物过敏： 对某些食物过敏，比如对牛奶中的乳糖不耐受，食用含乳糖的食物后会出现腹泻症状，腹泻刺激肛门也会导致肛门疼。
其他因素
腹部受凉： 腹部突然受凉，会影响肠道的正常功能，导致肠道痉挛，出现腹泻情况，腹泻过程中肛门受到频繁刺激，就会产生疼痛。比如夜间睡眠时腹部着凉，第二天就可能出现大便拉稀肛门疼的情况。