大便时肛门疼可能由多种原因引起，以下是一些常见的原因：
1.肛裂：肛管皮肤全层纵行裂开并形成感染性溃疡，多由便秘引起，典型表现为肛门疼痛、便血和便秘。
2.痔疮：内痔或混合痔脱出、嵌顿，可出现肛门疼痛。
3.肛管或直肠损伤：肛管或直肠因外伤或手术而导致的裂伤，可引起肛门疼痛。
4.肛窦炎：肛窦炎是引起肛门部下坠感的主要原因之一，表现为肛门疼痛、灼热感，排便时加重。
5.肛周脓肿：肛门周围脓肿是指肛门周围间隙发生的急慢性感染而形成的脓肿，表现为肛周持续性剧痛，受压或咳嗽时加重。
6.肛管直肠恶性肿瘤：肛管直肠恶性肿瘤晚期，肛管或直肠受侵，可出现肛门疼痛。
需要注意的是，以上只是一些常见的原因，其他疾病如溃疡性结肠炎、克隆恩病等也可能导致肛门疼痛。如果出现肛门疼痛，建议及时就医，明确诊断，以便进行针对性治疗。同时，保持良好的饮食习惯和排便习惯，预防便秘，对肛门疾病的预防和治疗也非常重要。