小儿先天性胆总管囊肿需要做以下检查：
一、生化检查：其中血清胆红素，特别是直接胆红素会显著升高，碱性磷酸酶与γ-谷氨酰转肽酶也会出现上升。
二、B超检查：这是一种非常简便且无创伤的检查方式，能够初步做出诊断。可在肝下方发现界限清晰的低回声区，从而明确囊肿的大小、胆管远端的狭窄程度，同时还能知晓肝内胆管扩张的程度和范围。
三、CT检查：能够清楚地确定肝内外胆管是否扩张、扩张的具体部位、程度以及形态和位置，胆总管远端狭窄的情况以及有无肝内胆管扩张，还有扩张的形态和部位等，这对于手术方式的选择很有帮助。
四、逆行性胰胆管造影（内镜造影）：利用小儿十二指肠纤维内镜，经十二指肠乳头插入导管进行造影，能够显示胰胆管的全貌，尤其对于胰胆管合流异常能够清晰显影，可为治疗方法的选取提供可靠依据。
五、经皮肝胆管造影检查：通过该检查可以了解肝内胆管囊性扩张的部位，为手术选择提供指导；可以明确有无胰腺管的合流异常以及胰胆管远端的病理变化；还能知晓远近端胆管的狭窄程度；并且可以采集胆汁，用于进行细菌学检查。
总之，这些检查对于小儿先天性胆总管囊肿的诊断和治疗方案的制定都具有重要意义。