先天性胆总管囊肿需要做的检查有：
1.B型超声检查：可确诊胆总管囊肿，同时可观察胆囊的收缩功能及肝内外胆管扩张情况。
2.逆行胰胆管造影（ERCP）：可清晰显示胰胆管的形态，有助于诊断胆总管囊肿。
3.磁共振胰胆管成像（MRCP）：是一种非侵入性的检查方法，对诊断胆总管囊肿具有重要价值。
4.腹部CT：可了解胆总管囊肿的位置、大小、形态，以及是否合并其他胆道畸形。
5.血常规：白细胞计数及中性粒细胞比例可升高，提示存在胆道感染。
6.肝功能检查：可了解肝脏功能是否受损。
此外，医生还会根据患儿的具体情况选择其他检查方法，如胆道核素扫描、腹腔镜检查等。这些检查有助于全面评估病情，制定合适的治疗方案。