扁桃体发炎主要是由病原微生物感染引起的，其中最常见的病原体是A组乙型溶血性链球菌，约占细菌性扁桃体炎的10%~30%。
细菌感染引发
链球菌感染： A组乙型溶血性链球菌是导致扁桃体发炎很常见的细菌病原体。这种细菌喜欢在温暖、潮湿的环境中生存，当人体抵抗力下降时，它就容易入侵扁桃体，引发炎症反应，出现扁桃体红肿、疼痛等症状。葡萄球菌感染： 金黄色葡萄球菌也是可能引起扁桃体发炎的细菌之一。它可以通过空气飞沫、直接接触等途径传播，一旦进入扁桃体，就会在局部繁殖，导致扁桃体发炎，有时还会伴有化脓的情况。
病毒感染导致
腺病毒感染： 腺病毒是引起扁桃体发炎的常见病毒之一。腺病毒有多种血清型，感染后会引起上呼吸道炎症，包括扁桃体发炎。患者会出现发热、扁桃体充血肿胀等表现，而且腺病毒感染具有一定的传染性，可在人群中传播。鼻病毒感染： 鼻病毒感染也可能引发扁桃体发炎。鼻病毒主要通过接触被污染的物品或空气传播，感染后除了引起鼻塞、流涕等感冒症状外，也可能累及扁桃体，导致扁桃体发炎，一般病情相对较轻，但也需要引起重视。
免疫力低下诱发
儿童免疫力较弱： 儿童的免疫系统还没有完全发育成熟，相对成年人更容易受到病原微生物的侵袭。比如3~10岁的儿童，扁桃体处于活跃期，在接触到病原体时，就比较容易发生扁桃体发炎。如果儿童平时营养摄入不均衡、缺乏锻炼等，会进一步降低免疫力，增加扁桃体发炎的风险。老年人免疫力衰退： 随着年龄增长，老年人的免疫力会逐渐衰退。60岁以上的老年人身体机能下降，扁桃体的防御能力也减弱，容易受到细菌和病毒的侵袭，从而引发扁桃体发炎。而且老年人往往还伴有一些基础疾病，如糖尿病、高血压等，这也会影响身体的免疫力，使得扁桃体发炎更容易发生且恢复相对较慢。