子宫内膜异位症的发生原因目前尚未完全明确，但有几种主要学说。其中，子宫内膜种植学说被广泛认可，经血逆流时，子宫内膜碎片可随经血通过输卵管进入盆腔，种植在卵巢、盆腔腹膜等部位并生长，据统计，约10% - 15%的育龄女性有经血逆流现象，但并非所有人都会患子宫内膜异位症。
经血逆流与种植
经血逆流途径： 女性的子宫通过输卵管与盆腔相连，正常情况下，月经血会从子宫经宫颈、阴道流出体外，但部分情况下，月经血会逆流进入盆腔。例如，在月经期间，子宫收缩可能导致经血逆流。种植过程： 逆流的子宫内膜碎片具有活性，能够在盆腔的组织表面粘附、种植，并逐渐生长形成异位病灶。
体腔上皮化生学说
体腔上皮的潜在分化： 盆腔腹膜、卵巢表面等部位的体腔上皮具有潜在的分化能力。在某些因素刺激下，这些体腔上皮可能化生为子宫内膜样组织。比如，长期的炎症刺激可能促使体腔上皮发生化生，进而发展为子宫内膜异位症病灶。炎症因素影响： 盆腔的慢性炎症可能参与了体腔上皮的化生过程。炎症会释放一些细胞因子等物质，改变局部微环境，使得体腔上皮更容易向子宫内膜样组织转化。
免疫调节异常
免疫系统的监视功能： 正常情况下，人体免疫系统能够识别和清除异位的子宫内膜细胞。但在子宫内膜异位症患者中，存在免疫调节异常。例如，患者体内的自然杀伤细胞活性降低，自然杀伤细胞是免疫系统中参与清除异常细胞的重要细胞，其活性降低就难以有效清除异位的子宫内膜细胞。细胞因子失衡： 体内一些细胞因子的平衡被打破也与子宫内膜异位症相关。如白细胞介素 - 6、肿瘤坏死因子等细胞因子水平发生变化，影响了子宫内膜细胞的种植、生长和免疫逃逸等过程。例如，白细胞介素 - 6水平升高可能促进子宫内膜细胞的增殖和异位病灶的形成。