子宫内膜异位症的发生原因目前尚未完全明确，不过有几种主要因素比较被认可。其中，经血逆流是一个重要因素，据研究，约有10% - 15%的女性存在经血逆流的情况，当月经血中的内膜细胞逆流到盆腔等部位，就有可能种植生长，进而引发子宫内膜异位症。
遗传因素
家族遗传倾向： 如果家族中有亲属患有子宫内膜异位症，那么女性患病的风险会相对增加。研究发现，子宫内膜异位症具有一定的遗传易感性，可能与某些基因的突变或遗传特征有关。比如，如果母亲患有子宫内膜异位症，女儿患病的几率比正常人群要高一些。
免疫与炎症因素
免疫系统异常： 人体的免疫系统在正常情况下可以识别和清除异位的内膜细胞，但如果免疫系统出现异常，就可能无法有效清除这些异位的内膜细胞。例如，免疫细胞的功能缺陷可能导致异位的内膜细胞在盆腔等部位存活并生长。炎症反应参与： 异位的内膜细胞会引发局部的炎症反应。炎症因子的释放会促进异位内膜细胞的种植、黏附和生长。比如，一些细胞因子会改变盆腔内的微环境，使得异位的内膜细胞更容易定植并发展成子宫内膜异位症病灶。
医源性因素
宫腔操作相关： 像剖宫产、人工流产等宫腔操作可能会导致子宫内膜细胞异位种植。例如，剖宫产时，子宫内膜细胞可能会种植在手术切口处，从而形成腹壁子宫内膜异位症；人工流产过程中，宫腔内压力的改变可能使内膜细胞逆流到盆腔其他部位。其他医源性植入： 还有一些比较罕见的情况，比如经阴道超声检查等医疗操作，如果操作不当，也可能将子宫内膜细胞带到其他部位，不过这种情况发生的概率相对较低，但也是医源性因素的一种可能情况。