子宫内膜异位症的发生原因目前尚未完全明确，但有几种主要的学说。其中，子宫内膜种植学说被广泛认可，经血逆流时，子宫内膜碎片可随经血通过输卵管进入盆腔，种植在卵巢、盆腔腹膜等部位，大约有10% - 15%的女性存在经血逆流情况，但并非所有人都会发病。
遗传因素：
家族遗传倾向： 如果家族中有女性患有子宫内膜异位症，那么其他女性患病的风险可能会增加。研究发现，子宫内膜异位症具有一定的遗传易感性，某些基因的突变可能与该病的发生相关。例如，一些与细胞黏附、免疫调节等相关的基因发生异常时，可能会影响子宫内膜细胞的正常行为，增加异位种植的可能性。
免疫调节异常：
免疫系统功能失调： 正常情况下，人体的免疫系统能够识别和清除异位的子宫内膜细胞。但当免疫系统出现异常时，就可能无法有效清除这些异位的内膜细胞。比如，免疫细胞的活性降低，不能及时将异位的内膜细胞吞噬或杀灭，导致内膜细胞在盆腔等部位定植生长。另外，体内的一些免疫因子失衡，也会影响子宫内膜的正常代谢和种植过程，从而促进子宫内膜异位症的发生。
炎症因素：
盆腔炎症影响： 盆腔炎症可能会促使子宫内膜异位症的发生。长期的盆腔炎症刺激，会改变盆腔内的微环境，使得盆腔腹膜的屏障功能受损，更容易让子宫内膜细胞种植存活。而且炎症还会释放一些细胞因子等物质，进一步促进子宫内膜细胞的增殖和异位生长。例如，慢性盆腔炎患者发生子宫内膜异位症的概率可能比没有盆腔炎的女性要高一些。
内分泌因素：
雌激素水平影响： 子宫内膜的生长受雌激素的调控，雌激素水平过高可能会促进子宫内膜细胞的增殖和异位种植。女性在月经周期中，雌激素水平会有周期性变化，而子宫内膜异位症患者体内的雌激素代谢可能存在异常，导致局部雌激素水平持续处于较高状态，刺激异位的内膜细胞生长。另外，长期服用外源性雌激素类药物，也可能增加患子宫内膜异位症的风险。