全血细胞减少通常是由多种原因引起的。比如血液系统疾病，像再生障碍性贫血，约有半数以上的再生障碍性贫血患者会出现全血细胞减少，它是由于骨髓造血功能衰竭导致的；还有骨髓增生异常综合征，这是一组起源于造血干细胞的异质性髓系克隆性疾病，也常伴有全血细胞减少。另外，物理化学因素也可能导致全血细胞减少，比如长期接触X射线、γ射线等电离辐射，或者长期接触苯等化学物质，这些因素会损伤骨髓造血干细胞，影响血细胞的生成，从而引起全血细胞减少。还有一些感染性疾病也可能导致，例如严重的病毒性肝炎，在病情严重时可能会影响骨髓造血功能，出现全血细胞减少的情况。
血液系统疾病相关原因
再生障碍性贫血：这是一种骨髓造血功能衰竭症，主要表现为骨髓造血细胞增生减低和外周血全血细胞减少，临床可出现贫血、出血、感染等症状。其发病机制可能与造血干细胞受损、免疫异常等有关。骨髓增生异常综合征：是一组造血干细胞克隆性疾病，骨髓出现病态造血，表现为外周血红细胞、白细胞、血小板一系或多系减少，患者可能有贫血、感染、出血等表现，病情有向急性白血病转化的风险。
物理化学因素相关原因
电离辐射影响：长期处于电离辐射环境中，像在没有做好防护措施的放射工作场所，人体受到的电离辐射剂量达到一定程度时，会抑制骨髓造血干细胞的增殖和分化，使得红细胞、白细胞、血小板的生成减少，进而引发全血细胞减少。一般来说，长期接受超过一定剂量（如100毫西弗以上）的电离辐射就可能对骨髓造血产生明显影响。化学物质接触：长期接触苯及其衍生物等化学物质，苯可以抑制骨髓细胞DNA合成，影响骨髓造血微环境，导致造血干细胞损伤，引起全血细胞减少。比如一些从事橡胶制造、油漆喷涂等工作的人员，长期接触苯类物质，患病风险相对较高。
感染性疾病相关原因
严重病毒性肝炎：当发生严重的病毒性肝炎时，病毒可能会侵袭骨髓，影响骨髓的造血功能。例如乙型肝炎病毒、丙型肝炎病毒等感染导致肝脏严重受损时，会干扰体内的造血调控机制，使得红细胞、白细胞、血小板的生成受到抑制，从而出现全血细胞减少的现象。患者除了有肝炎相关的症状如乏力、黄疸等，还会伴有全血细胞减少带来的相应表现。