胚胎停育的原因较为复杂，据相关医学研究，约50% - 60%的胚胎停育与胚胎染色体异常有关。
染色体因素
胚胎自身染色体异常： 受精卵在形成过程中，若染色体发生数目或结构的异常，就容易导致胚胎停育。这种情况是自然淘汰的过程，因为染色体异常的胚胎通常无法正常发育。父母染色体异常遗传： 父母双方若有染色体平衡易位、倒位等异常情况，有可能遗传给胚胎，从而增加胚胎停育的风险。例如，平衡易位的携带者生育的胎儿，很可能出现染色体不平衡，进而引发胚胎停育。
母体因素
内分泌失调： 女性体内的激素水平对胚胎着床和发育至关重要。比如黄体功能不全，会导致孕激素分泌不足，无法为胚胎提供良好的着床和发育环境，从而增加胚胎停育的几率。据统计，约有20% - 30%的胚胎停育与黄体功能不全有关。全身性疾病： 孕妇患有严重的全身性疾病，如糖尿病未控制好、高血压、心脏病心功能不全等，会影响胎盘的血液灌注，使胚胎得不到充足的营养供应，进而引发胚胎停育。例如，患有糖尿病且血糖控制不佳的孕妇，其胚胎停育的发生率明显高于血糖控制良好的孕妇。
子宫因素
子宫解剖结构异常： 子宫畸形，如单角子宫、双角子宫等，会影响子宫腔的形态和容积，不利于胚胎的着床和发育。子宫肌瘤，尤其是黏膜下子宫肌瘤，会改变宫腔内环境，阻碍胚胎着床，增加胚胎停育的风险。子宫内膜病变： 子宫内膜炎、子宫内膜息肉、宫腔粘连等子宫内膜病变，会影响子宫内膜的容受性，使胚胎难以着床或着床后无法正常发育，从而导致胚胎停育。例如，患有严重宫腔粘连的女性，胚胎停育的可能性会大大增加。
免疫因素
自身免疫异常： 孕妇体内存在抗磷脂抗体、抗核抗体等自身抗体，会攻击胎盘组织，导致胎盘血管栓塞，影响胚胎的血液供应，引发胚胎停育。研究表明，约10% - 20%的复发性胚胎停育与自身免疫异常有关。同种免疫异常： 母体对胚胎的免疫耐受不足，导致母体免疫系统攻击胚胎，也会引起胚胎停育。例如，夫妻血型不合等情况，可能会引发同种免疫异常，从而增加胚胎停育的发生概率。