胚胎停育的原因较多，据相关统计，约50% - 60%的胚胎停育与胚胎染色体异常有关。
染色体因素
胚胎自身染色体异常： 受精卵在形成过程中，由于各种原因导致染色体数目或结构发生异常，这是早期胚胎停育最常见的原因之一。比如减数分裂时染色体不分离、遗传物质的突变等情况，都可能使胚胎染色体出现问题，从而无法正常发育。父母染色体异常： 若父母一方或双方存在染色体结构或数目异常，也可能遗传给胚胎，影响胚胎的正常发育，增加胚胎停育的风险。例如平衡易位的携带者，其孕育的胚胎很可能出现染色体不平衡，导致胚胎停育。
母体因素
内分泌失调： 女性体内的一些重要激素水平异常会影响胚胎发育。例如黄体功能不全，会使孕激素分泌不足，无法为胚胎着床和发育提供良好的内分泌环境，从而容易引起胚胎停育。一般来说，黄体期孕激素水平低于正常范围，就可能存在黄体功能不全的情况。甲状腺功能异常也是一个重要因素，甲状腺功能减退或亢进都会干扰胚胎的正常发育进程，增加胚胎停育的几率。子宫异常： 子宫的一些病变会影响胚胎着床和发育。如子宫畸形，像纵隔子宫、双角子宫等，会改变子宫的内部环境，使胚胎着床困难或着床后无法正常生长；子宫内膜息肉会影响子宫内膜的容受性，阻碍胚胎的着床和发育；子宫肌瘤如果位置不佳，如黏膜下子宫肌瘤，也可能影响胚胎的生长空间，导致胚胎停育。
免疫因素
自身免疫异常： 母体自身存在某些自身抗体，如抗磷脂抗体综合征，体内的抗磷脂抗体可与胎盘滋养细胞结合，影响胎盘的血液循环，使胎盘功能受损，进而导致胚胎停育。这类自身免疫性疾病会持续对胚胎造成不良影响，增加胚胎停育的发生风险。同种免疫异常： 母体对胚胎的免疫排斥反应异常也可能导致胚胎停育。正常情况下，母体对胚胎有一定的免疫耐受，但如果这种耐受机制出现问题，母体的免疫系统将胚胎识别为“异物”并进行攻击，从而引发胚胎停育。例如封闭抗体缺乏，会使母体对胚胎的免疫耐受不足，增加胚胎停育的可能性。
环境因素
化学物质接触： 孕妇接触过多的有害化学物质，如苯、甲醛、农药等，这些化学物质可能通过胎盘影响胚胎的发育，导致胚胎停育。例如长期处于甲醛超标的环境中，胚胎的细胞分裂、分化等过程可能受到干扰，从而增加胚胎停育的风险。辐射影响： 孕妇受到过量的辐射，如 X 射线、放射性物质等，辐射会损害胚胎的细胞结构和遗传物质，影响胚胎的正常发育，导致胚胎停育。一般来说，孕妇接受超过一定剂量的辐射，就可能对胚胎造成不良影响。