胚胎停育的原因有多种。据统计，约50% - 60%的胚胎停育与染色体异常有关，这是常见的原因之一。
染色体因素
胚胎自身染色体异常： 胚胎在发育过程中，染色体发生数目或结构的异常，就可能导致胚胎停育。这种情况是胚胎自身的问题，属于自然淘汰的一种。父母染色体异常： 若父母双方有一方染色体存在平衡易位等异常情况，也可能遗传给胚胎，从而引发胚胎停育。比如父亲或母亲的染色体携带了不利于胚胎正常发育的结构变异等。
母体因素
内分泌失调： 女性体内的激素水平对胚胎着床和发育至关重要。例如，黄体功能不全时，孕激素分泌不足，不能为胚胎提供良好的着床和发育环境，就容易导致胚胎停育。一般在怀孕早期，孕激素水平需要维持在一定范围才能保证胚胎正常生长。子宫异常： 子宫是胚胎着床和发育的场所，如果存在子宫畸形，如双角子宫、纵隔子宫等，或者有子宫肌瘤、子宫内膜息肉等病变，都会影响胚胎的着床和发育，增加胚胎停育的风险。比如黏膜下子宫肌瘤可能会阻碍胚胎着床。
免疫因素
自身免疫异常： 孕妇自身的免疫系统出现异常，产生了攻击胚胎的抗体，就会影响胚胎的正常发育。像抗磷脂抗体综合征，体内的抗磷脂抗体可引起胎盘血管血栓形成，影响胚胎的血供，导致胚胎停育。同种免疫异常： 母体对胚胎的免疫耐受不足，也可能导致胚胎被母体免疫系统攻击，从而发生胚胎停育。比如母体缺乏某些免疫调节因子，不能对胚胎产生正常的免疫耐受。
环境因素
化学物质接触： 孕妇长时间接触一些有毒有害的化学物质，如苯、甲醛等，可能会对胚胎造成损害，引发胚胎停育。例如在新装修的房间里长时间停留，吸入过多的甲醛等有害物质。辐射影响： 过量的辐射暴露，如长时间接触X射线等，会影响胚胎细胞的正常分裂和发育，增加胚胎停育的几率。比如在没有做好防护措施的情况下进行了多次腹部X线检查等。