口腔溃疡没有绝对最好的药，需根据具体情况选择。一般来说，局部用药较为常用，比如含有糖皮质激素的复方氯己定地塞米松膜，能在1-2天内缓解疼痛、促进愈合。
局部外用药
含漱剂： 常用的有氯己定含漱液，它能杀菌消炎，抑制口腔内细菌滋生，帮助减轻口腔溃疡的炎症反应，一般每天含漱3-4次，每次含漱10-30秒。含片： 西地碘含片也是常见的，它可以在口腔内缓慢释放碘，起到杀菌、收敛的作用，含服，一次1片，一日3-5次。
促进愈合类药物
凝胶或糊剂： 如重组人表皮生长因子凝胶，能促进口腔黏膜上皮细胞的增殖、迁移，加快溃疡面的愈合，直接涂抹在溃疡表面，每天使用2-3次。中药散剂： 冰硼散也有一定效果，具有清热解毒、消肿止痛的功效，用药时将散剂直接撒于溃疡处，一日数次，但儿童使用时要注意避免误吸。
调节免疫类药物
对于反复复发的口腔溃疡，可能会用到调节免疫的药物：如转移因子口服液，它可以调节机体免疫功能，增强免疫力，有助于减少口腔溃疡的复发频率，但需要在医生指导下使用，一般成人一次10ml，一日1-2次（具体剂量需遵医嘱）。不过这类药物相对局部用药来说，使用会更谨慎，因为涉及到免疫调节的复杂机制。
补充维生素类
如果是因缺乏维生素引起的口腔溃疡，可以补充维生素：比如维生素C片，它能参与机体的多种代谢过程，增强机体抵抗力，有助于促进口腔溃疡的愈合。可以口服，一次1-2片，一日3次，但一般通过多吃富含维生素C的蔬菜水果来补充更为安全，像橙子、猕猴桃等，每天保证摄入一定量，能从根本上预防因维生素C缺乏导致的口腔溃疡。