治疗口腔溃疡并没有绝对最好的药，需根据具体情况选择。一般来说，局部用药较为常用，比如复方氯己定含漱液，它能在一定程度上缓解口腔溃疡带来的疼痛等不适，通常每天含漱3 - 4次。
局部用药类
含漱液类： 像康复新液也可用于口腔溃疡的治疗，它能促进创面愈合。使用时需用棉签蘸取适量康复新液涂抹在溃疡表面，每天可使用3 - 4次。贴膜类： 醋酸地塞米松粘贴片也是常见的局部用药，它可以起到抗炎、减轻溃疡疼痛的作用。使用时将贴片贴于溃疡处，一般一次用1片，每天不超过3片。
促进愈合类
生长因子类： 重组人表皮生长因子凝胶也可用于口腔溃疡的治疗，它能促进口腔黏膜细胞的增殖、分化，加快溃疡的愈合。使用时取适量凝胶涂抹于溃疡表面，每天使用2 - 3次即可。
缓解疼痛类
含片类： 西地碘含片有一定的消毒防腐作用，能缓解口腔溃疡引起的疼痛。一般含服，一次1片，一日3 - 5次。不过，对碘过敏者禁用。散剂类： 冰硼散也是传统的治疗口腔溃疡的散剂，具有清热解毒、消肿止痛的功效。使用时取适量冰硼散撒于溃疡表面，每天可使用数次，但孕妇慎用。口腔溃疡患者在使用药物时要注意，若口腔溃疡持续不愈合或者反复发作，超过两周仍未好转，应及时就医，排查是否有其他疾病因素，而不是自行盲目用药。同时，在使用局部用药时要注意正确的使用方法，保证药物能有效作用于溃疡部位。