跑步时膝盖内侧疼痛的原因和治疗方法主要有以下几点：
1.内侧半月板损伤：如果跑步姿势不正确或过度使用膝盖，可能会导致内侧半月板损伤，引起疼痛。此外，半月板损伤还可能与年龄、运动损伤、遗传等因素有关。治疗方法包括休息、物理治疗、药物治疗（如非甾体抗炎药）、注射治疗（如玻璃酸钠）和手术治疗（如半月板修复或切除术）等。
2.内侧副韧带损伤：内侧副韧带是连接股骨和胫骨的重要结构，如果受到过度拉伸或损伤，可能会导致疼痛和肿胀。治疗方法包括休息、物理治疗、支具固定、药物治疗（如非甾体抗炎药）和手术治疗（如韧带修复或重建术）等。
3.髌骨软化症：髌骨软化症是髌骨软骨的退行性改变，常见于跑步、跳跃等运动项目。主要表现为膝盖前侧疼痛，尤其在上下楼梯或下蹲时更为明显。治疗方法包括休息、物理治疗、药物治疗（如氨基葡萄糖）、注射治疗（如玻璃酸钠）和手术治疗（如髌骨软骨移植术）等。
4.髂胫束综合征：髂胫束是连接髋部和胫骨的一条带状结构，如果过度使用或受到刺激，可能会引起膝盖外侧疼痛。治疗方法包括休息、物理治疗、拉伸、药物治疗（如非甾体抗炎药）和注射治疗（如糖皮质激素）等。
5.其他原因：跑步时膝盖内侧疼痛还可能与其他因素有关，如滑膜炎、脂肪垫炎、髌腱炎等。
需要注意的是，治疗方法应根据具体情况而定，如果疼痛持续不缓解或加重，建议及时就医，进行详细的检查和诊断，并根据医生的建议进行治疗。此外，正确的跑步姿势、适当的热身和拉伸、选择合适的跑鞋等也有助于预防跑步时膝盖疼痛的发生。