自然流产的原因有多种，据统计，约50% - 60%的早期自然流产与胚胎染色体异常有关。
胚胎因素
染色体异常： 无论是数目异常还是结构异常都可能导致流产。比如常见的三体综合征，像21 - 三体、18 - 三体等，这种染色体的异常会使胚胎发育异常，从而引发自然流产。基因突变： 某些特定基因的突变也可能影响胚胎的正常发育，增加自然流产的风险。
母体因素
全身性疾病： 孕妇患有严重的感染性疾病，如高热可使子宫收缩导致流产；患有慢性疾病，像高血压、心脏病、糖尿病等，会影响胎盘供血供氧，进而引发流产。例如，患有糖尿病且血糖控制不佳的孕妇，发生自然流产的概率会相对较高。生殖器官异常： 子宫畸形，如单角子宫、双角子宫等，会影响胚胎的着床和发育；宫腔粘连会使宫腔容积减小，不利于胚胎生长；宫颈内口松弛，在妊娠中晚期容易出现胎膜早破，从而导致流产。
免疫因素
自身免疫异常： 孕妇体内存在抗磷脂抗体等自身抗体，会影响胎盘的血液循环，导致胎盘梗死、绒毛膜血管炎等，进而引起流产。同种免疫异常： 母体对胚胎的免疫耐受不足，使得母体免疫系统攻击胚胎，引发自然流产。比如夫妻双方免疫不兼容，可能导致这种情况发生。
环境因素
化学物质接触： 孕妇接触过多的有害化学物质，如苯、甲醛、铅等，这些物质可能通过胎盘影响胚胎发育，增加自然流产的几率。放射性物质： 长时间接触较高剂量的放射性物质，会对胚胎造成损伤，引发自然流产。例如在放射性工作环境中未做好防护的孕妇，发生自然流产的风险会明显升高。