自然流产的原因有多种，据统计，约50% - 60%的早期自然流产与胚胎染色体异常有关。
胚胎因素
染色体异常： 无论是精子还是卵子染色体出现异常，都可能导致胚胎染色体异常。比如，夫妻一方染色体平衡易位，就容易使胚胎染色体发生异常，从而引发自然流产。一般来说，染色体异常在早期自然流产中占比较高。胚胎发育不全： 怀孕早期，如果胚胎本身发育出现问题，像受精卵在形成过程中受到不良因素影响，导致胚胎细胞分裂、分化异常，也会引发自然流产。
母体因素
内分泌异常： 女性体内的激素水平对维持妊娠至关重要。例如，黄体功能不全，会使孕激素分泌不足，无法很好地支持胚胎着床和发育，大约有20% - 30%的自然流产与黄体功能不全有关。还有甲状腺功能减退，甲状腺激素分泌不足会影响胚胎的生长发育，增加自然流产的风险。全身性疾病： 孕妇如果患有一些全身性疾病，也可能导致自然流产。比如孕妇患有严重的糖尿病，血糖控制不佳时，高血糖环境会影响胚胎的生长；患有高血压疾病，血压持续升高会影响胎盘的血液供应，从而引发自然流产。
免疫因素
自身免疫异常： 孕妇自身的免疫系统如果出现异常，产生的抗体可能会攻击胚胎，导致自然流产。例如，抗磷脂抗体综合征，体内存在的抗磷脂抗体可引起血管内皮损伤，影响胎盘血液循环，进而导致流产。同种免疫异常： 母体对胚胎的免疫耐受不足，也会引发自然流产。母体和胚胎之间的免疫平衡被打破，母体的免疫系统将胚胎视为“异物”进行攻击，就可能导致流产发生。
环境因素
化学物质接触： 孕妇如果接触了一些有害的化学物质，如苯、甲醛、农药等，这些化学物质可能会通过胎盘影响胚胎的正常发育，增加自然流产的几率。比如长期在含有甲醛的环境中工作或生活，就可能对胚胎造成不良影响。物理因素影响： 过多接触放射性物质，像长期处于高辐射环境中，辐射会损伤胚胎的细胞，干扰胚胎的正常发育，从而引发自然流产。另外，高温环境也可能对胚胎产生不利影响，导致流产发生。