水样便主要由多种原因引起，比如感染性因素中，病毒感染较为常见，像轮状病毒感染多见于婴幼儿，可导致频繁水样便，一般病程可能持续3 - 8天。
感染性因素
病毒感染：除了轮状病毒，诺如病毒也能引起水样便，诺如病毒感染性腹泻全年均可发生，儿童和成人都可能被感染，常常会在学校、医院等人群聚集场所引起暴发流行。细菌感染：大肠杆菌感染是常见的细菌感染原因之一，一些致病性大肠杆菌可导致肠道出现炎症反应，引起水样便，严重时可能伴有腹痛、发热等症状。沙门菌感染也会引发水样便，患者可能有进食不洁食物史，进而出现腹泻等表现。
非感染性因素
饮食因素：食用过多生冷食物可能引起水样便，比如大量进食刚从冰箱取出的冷饮、生冷瓜果等，会刺激肠道蠕动加快，导致水样便出现。还有食物过敏也可能导致水样便，有些人对特定食物如牛奶、海鲜等过敏，进食后肠道出现过敏反应，表现为水样便。药物因素：某些药物也可能引起水样便，例如服用泻药过量时，可能会导致肠道蠕动过度，出现水样便情况。还有一些化疗药物在使用过程中，也可能引起胃肠道反应，包括水样便。疾病因素：甲状腺功能亢进患者，由于甲状腺激素分泌过多，会加快肠道蠕动，从而出现水样便。另外，一些肠道的慢性疾病，如炎症性肠病等，也可能导致肠道功能紊乱，出现水样便的症状。