胚胎不着床的原因有多种，其中约30% - 40%的原因与胚胎自身质量有关。比如胚胎染色体异常，这是导致胚胎不着床很常见的因素，据统计，自然流产的胚胎中约50% - 60%存在染色体异常情况。
母体子宫因素
子宫解剖结构异常： 像子宫黏膜下肌瘤，它会占据宫腔空间，影响胚胎着床。还有子宫畸形，比如纵隔子宫，会使宫腔形态异常，不利于胚胎着床。另外，子宫内膜息肉也可能干扰胚胎着床，它会改变子宫内膜的容受性。子宫内膜容受性差： 子宫内膜厚度不合适也会影响胚胎着床，一般来说，子宫内膜厚度在8 - 12毫米时较利于胚胎着床，如果厚度过薄（小于8毫米）或过厚（大于12毫米）都可能导致着床困难。还有子宫内膜炎，炎症会改变子宫内膜的微环境，影响胚胎着床。
免疫因素
自身免疫异常： 例如抗磷脂综合征，体内存在抗磷脂抗体，会影响胎盘血管的形成，阻碍胚胎的血供，进而导致胚胎不着床。另外，系统性红斑狼疮等自身免疫性疾病，也可能通过免疫机制干扰胚胎着床。同种免疫异常： 母体对胚胎的免疫排斥反应过强也会导致胚胎不着床。正常情况下母体对胚胎有一定的免疫耐受，但如果这种耐受机制出现问题，就可能排斥胚胎。
内分泌因素
激素水平异常： 黄体功能不全是常见的原因之一，黄体期孕激素分泌不足，会影响子宫内膜的转化，使子宫内膜不利于胚胎着床。甲状腺功能异常也会有影响，甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌减少，会影响母体的代谢以及子宫内膜的容受性；甲状腺功能亢进时，也可能干扰胚胎着床相关的内分泌环境。高泌乳素血症： 血液中泌乳素水平过高，会抑制排卵，影响子宫内膜的状态，从而影响胚胎着床。