胚胎不着床的原因有多种，其中女性生殖系统因素较为常见。比如子宫内膜异常，像子宫内膜厚度不合适，正常胚胎着床需要子宫内膜厚度在8~12毫米左右，如果子宫内膜过薄（小于8毫米）或过厚（大于12毫米），都可能影响胚胎着床；还有子宫内膜息肉，它会占据宫腔内的空间，干扰胚胎着床。
母体内分泌因素
激素水平失衡： 孕酮水平对胚胎着床至关重要，若母体孕酮分泌不足，就难以维持子宫内膜的容受性，影响胚胎着床。一般来说，孕酮水平低于一定数值（如小于15ng/ml）时，胚胎着床难度会增加。甲状腺功能异常： 甲状腺激素分泌异常也会影响胚胎着床。甲状腺功能减退时，机体代谢减缓，可能干扰子宫内膜的同步化，从而影响胚胎着床；而甲状腺功能亢进时，过高的激素水平也可能对生殖系统产生不良影响，降低胚胎着床几率。
胚胎自身因素
胚胎染色体异常： 约50%~60%的早期流产是由于胚胎染色体异常导致的，染色体数目或结构异常会使胚胎质量不佳，难以成功着床。这种情况在年龄较大的女性中更为常见，比如35岁以上的女性，胚胎染色体异常的发生率明显升高。胚胎质量差： 除了染色体问题，胚胎自身的发育潜能也很关键。如果胚胎在发育过程中受到各种因素影响，比如受精过程异常等，都会导致胚胎质量差，进而无法着床。
免疫因素
自身免疫异常： 一些自身免疫性疾病，如系统性红斑狼疮等，会产生自身抗体，这些抗体可能攻击胚胎，影响胚胎着床。同种免疫异常： 母体对胚胎的免疫排斥反应也可能导致胚胎不着床。如果母体免疫系统不能正确识别胚胎，将其视为“异物”进行攻击，就会阻碍胚胎着床。