胚胎不着床的原因有多种，其中女性因素较为常见，约占60%左右。以下是一些主要原因：
女性生殖系统因素
子宫因素： 子宫内膜厚度异常是常见情况，一般来说，子宫内膜厚度在8~12毫米时较利于胚胎着床，若厚度小于7毫米或大于15毫米，都可能影响着床。另外，子宫畸形，如纵隔子宫、双角子宫等，会改变宫腔内环境，阻碍胚胎着床。比如纵隔子宫，纵隔将宫腔分成两部分，会影响胚胎的正常种植。内分泌因素： 黄体功能不全是常见问题，女性排卵后形成的黄体分泌孕激素，如果黄体功能不全，孕激素分泌不足，就会影响子宫内膜的容受性，使得胚胎难以着床。据统计，约有10%~20%的反复着床失败与黄体功能不全有关。还有甲状腺功能异常，无论是甲状腺功能亢进还是减退，都会干扰生殖内分泌轴，影响胚胎着床。甲状腺功能减退时，机体代谢减缓，可能导致子宫内膜容受性降低。
胚胎因素
胚胎染色体异常： 这是早期胚胎不着床的重要原因之一，在自然流产的胚胎中，约50%~60%存在染色体异常。常见的染色体异常包括数目异常和结构异常，如21 - 三体、18 - 三体等数目异常，以及染色体片段的缺失、重复等结构异常，这些异常会使胚胎质量不佳，难以成功着床。胚胎质量差： 除了染色体异常外，胚胎本身的发育潜能也很关键。比如胚胎碎片率高，碎片是胚胎发育过程中产生的凋亡小体，碎片率超过50%的胚胎着床率会明显降低。另外，胚胎的基因表达异常也可能导致不着床，一些关键基因的表达缺失或异常都会影响胚胎与子宫内膜的相互作用。
免疫因素
自身免疫异常： 如抗磷脂抗体综合征，体内存在的抗磷脂抗体可引起血管内皮细胞损伤，影响子宫胎盘血流，从而阻碍胚胎着床。还有系统性红斑狼疮等自身免疫性疾病，自身抗体攻击自身组织，也会对胚胎着床产生不利影响。同种免疫异常： 母体对胚胎的免疫耐受不足也会导致不着床。正常情况下，母体免疫系统应对胚胎时应处于免疫耐受状态，但如果这种耐受机制失调，母体免疫系统攻击胚胎，就会使胚胎无法着床。例如，自然杀伤细胞活性异常增高时，会释放细胞毒性物质，损伤胚胎及子宫内膜，影响着床。