做支气管镜一般风险较低，但也可能存在一些潜在危害。总体来说，其发生严重危害的概率较低，大约在1%~2%左右。
检查过程中的不适反应
操作时的不适： 在做支气管镜检查时，可能会引起咽喉部不适，比如咳嗽、恶心等症状，不过大多患者都能耐受。检查后的短时间不适： 检查后可能会有短暂的喉咙疼痛，一般1~2天就能缓解。少数人可能会出现少量痰中带血，通常也能自行恢复。
麻醉相关风险
局部麻醉过敏： 如果对麻醉药物过敏，可能会出现皮疹、呼吸困难等过敏反应，但发生概率很低，约为0.1%左右。全身麻醉风险（若采用全身麻醉时）： 全身麻醉可能会有呼吸抑制、心脑血管意外等风险，但在支气管镜检查中全身麻醉应用相对较少，且有专业麻醉医生全程监护，风险可控。
疾病相关风险
诱发基础疾病发作： 对于本身有慢阻肺、冠心病等基础疾病的患者，做支气管镜可能会诱发病情加重。比如慢阻肺患者可能会出现通气功能进一步下降，冠心病患者可能会出现心律失常等情况，但通过充分的术前评估和术中监测，可尽量降低这类风险。气道出血风险： 在取活检或刷检时，可能会导致气道内出血，对于一些血管丰富部位病变的患者，出血风险相对高一些，但一般会采取相应措施进行处理，如局部止血等。