做支气管镜检查一般来说风险较低，但也可能存在一些危害。总体而言，其发生严重危害的概率相对较小，大约在1%~2%左右，但具体情况因个体差异有所不同。
出血风险
少量出血：在支气管镜检查过程中，可能会导致呼吸道黏膜轻微损伤，引起少量咯血，通常1~2天内可自行缓解，一般出血量较少，不会对身体造成严重影响。大量出血：较为罕见，但也有可能发生。如果病变部位血管较丰富，或者操作时对血管损伤较严重，可能会出现较多量的出血，严重时可能需要进一步的止血处理，甚至可能影响呼吸功能，需要医生紧急处理。
气道损伤风险
黏膜擦伤：支气管镜通过气道时，可能会造成气道黏膜的擦伤，检查后可能会有咽部不适、喉咙疼痛等症状，一般1周左右可恢复。气道痉挛：个别患者在检查后可能出现气道痉挛，表现为呼吸困难、喘息等症状。尤其是本身有哮喘等气道高反应性疾病的患者，发生气道痉挛的风险相对较高，需要及时给予解痉等处理。
感染风险
呼吸道感染：虽然检查过程中会严格遵守无菌操作，但仍有极小的可能引起呼吸道感染。一般来说，通过规范的操作和术后适当的护理，可以降低感染的发生概率。如果发生感染，可能会出现发热、咳嗽加重等症状，需要使用抗生素等进行治疗。
心肺并发症风险
心律失常：对于本身有心脏基础疾病的患者，在支气管镜检查过程中，由于刺激气道可能会引起心律失常。尤其是患有冠心病、心律失常等心脏疾病的患者，检查前医生会充分评估风险，并采取相应的监测和预防措施。呼吸抑制：极少数情况下，可能会出现呼吸抑制的情况，特别是在使用镇静剂的患者中。不过现在有完善的监测和抢救措施，能够及时处理这种情况，保障患者的安全。