克罗恩病的病因目前尚未完全明确，可能与多种因素相关。一般认为遗传因素在其中起到一定作用，据研究显示，约10% - 20%的克罗恩病患者有家族史，亲属患病风险比普通人群高。
遗传因素方面
基因易感性： 多个基因与克罗恩病的发病相关，比如NOD2/CARD15基因，它的某些突变会增加肠道对细菌感染等因素的易感性，从而可能引发克罗恩病。家族聚集性： 如果家族中有一人患克罗恩病，其他家庭成员患病的风险比无家族史人群高出5 - 10倍左右，这体现了遗传在家族中的传递以及对发病的影响。
免疫因素方面
肠道免疫失衡： 人体肠道免疫系统会对一些无害的肠道菌群等产生异常免疫反应。正常情况下肠道免疫系统能维持平衡，而在克罗恩病患者体内，免疫系统被过度激活，导致肠道持续处于炎症状态。例如，肠道中的T淋巴细胞等免疫细胞功能失调，不断释放炎症因子，像肿瘤坏死因子 - α等，这些炎症因子会引起肠道黏膜的炎症、溃疡等病变。自身抗体参与： 部分克罗恩病患者体内存在针对肠道自身组织的自身抗体，这些抗体可能参与了肠道炎症的发生发展过程，进一步破坏肠道正常的结构和功能。
环境因素方面
饮食因素： 饮食结构的改变可能是诱因之一。比如长期高脂肪、高蛋白饮食，可能会影响肠道菌群的组成和代谢，进而影响肠道免疫功能。有研究发现，长期摄入西式饮食（高脂肪、高糖、低纤维）的人群，患克罗恩病的风险相对较高。感染因素： 某些细菌、病毒等感染可能与克罗恩病的发病有关。例如，一些分枝杆菌感染可能会触发肠道的异常免疫反应，导致肠道炎症持续不愈。另外，肠道内的一些共生菌，在特定环境下可能发生变化，引发免疫系统的过度应答，从而增加患克罗恩病的可能性。