克罗恩病的病因目前尚未完全明确，可能与多种因素有关。据研究，遗传因素在克罗恩病的发病中起到一定作用，约10% - 20%的患者有家族史，亲属患病率比普通人群高10 - 15倍。
遗传因素：
基因关联：已有多个基因被发现与克罗恩病相关，比如NOD2/CARD15基因，携带某些突变型的NOD2/CARD15基因的人患克罗恩病的风险会增加。家族聚集性：如果家族中有亲属患有克罗恩病，那么其他家族成员患病的几率比一般人群要高，而且亲属关系越近，患病风险相对越高。
免疫系统异常：
肠道免疫反应失衡：人体的免疫系统在正常情况下可以抵御外来病原体的入侵，但在克罗恩病患者体内，免疫系统出现了异常反应。肠道中的免疫细胞会过度活化，错误地攻击肠道自身组织，导致肠道持续炎症。细胞因子失调：一些细胞因子在克罗恩病的发病中起着关键作用，比如肿瘤坏死因子 - α（TNF - α）等细胞因子的异常增多，会加剧肠道的炎症反应，使得肠道黏膜不断受损，引发克罗恩病的一系列症状。
环境因素：
饮食因素：长期高脂、高蛋白饮食可能会增加患克罗恩病的风险。另外，吸烟也被认为是一个重要的环境危险因素，吸烟者患克罗恩病的几率比不吸烟者高，而且吸烟还可能会使病情加重，影响治疗效果。感染因素：某些病原体的感染可能与克罗恩病的发生有关，比如一些细菌、病毒等病原体感染肠道后，可能会触发肠道的免疫反应，从而诱导了克罗恩病的发病机制。例如，有研究发现某些分枝杆菌的感染可能与克罗恩病的肠道炎症有一定关联。