宝宝早上起床咳嗽的原因可能有咽喉炎、上呼吸道感染、过敏因素等，需针对不同病因在医生指导下进行治疗。
一、咽喉炎：宝宝患上咽喉炎症时，咽部会有灼热干燥感和咽痛感。早上起床因体位改变，咽后壁受分泌物刺激就会引发刺激性咳嗽。建议家长尽快带患儿就医，医生可能会指导使用布地奈德、丙酸倍氯米松等药物进行雾化治疗。日常生活中要让宝宝多喝水，保持生活环境清洁、湿润、舒适，减少粉尘、烟雾吸入。
二、上呼吸道感染：宝宝抵抗力下降时，呼吸道可能遭受病毒或细菌感染，导致呼吸道分泌物增多。早上起床体位变化，痰液位置移动，刺激呼吸道从而出现咳嗽症状。可遵医嘱使用阿奇霉素、头孢克肟等药物进行抗感染治疗。日常生活中要培养宝宝健康的生活习惯，勤洗手、多喝水、保持鼻腔卫生，避免脏手接触口眼鼻。
三、过敏因素：若宝宝是过敏体质，早上起床接触到过敏原、干燥空气等，容易刺激呼吸道，表现为早上起床咳嗽，且多为干咳。此时可以多喝水，保持环境温湿度适宜，必要时可遵医嘱使用西替利嗪、氯雷他定等抗组胺药物。
总之，宝宝早上起床咳嗽可能是多种原因引起的，要明确具体原因后采取合适的治疗措施。同时要注意宝宝日常的护理和生活环境。