宝宝凌晨咳嗽厉害的常见原因包括房间过于干燥、呼吸道感染、过敏性咳嗽等，需及时去医院做相应检查如血常规、胸片等来明确具体原因并处理。具体如下：
一、房间过于干燥：若处于冬季，因开空调或地暖致房间干燥，长时间后咽部受呼吸影响过度干燥，可引起咽部充血、水肿，从而出现宝宝凌晨咳嗽厉害。这种情况宜开启加湿器，使房间湿度保持在55%至60%。
1.原理：房间干燥会使咽部不适。
2.症状表现：导致咽部充血、水肿与咳嗽。
二、呼吸道感染：一般由细菌、衣原体、病毒等感染引发，会造成呼吸道黏膜充血、水肿及分泌物增多，刺激支气管而咳嗽。宝宝继发支气管炎、肺炎后，夜间和凌晨咳嗽会加重，还可能伴有发烧、咳少量白痰等情况。
1.感染因素：如细菌等感染。
2.症状：有黏膜变化和咳嗽加重等表现。
三、过敏性咳嗽：凌晨时空气相对较冷，若宝宝对冷空气过敏，或对室内灰尘过敏，就可能出现凌晨咳嗽厉害，需前往医院查找过敏原。
1.过敏原因：冷空气或室内灰尘等。
2.症状：凌晨咳嗽加剧。
宝宝凌晨咳嗽厉害，待咳嗽缓解后，家长可给宝宝少量多次喂温水以湿润咽喉部。若咳嗽厉害情况持续不缓解，需及时送宝宝去医院就诊，积极配合医生治疗，遵医嘱使用治疗药物。
总结：宝宝凌晨咳嗽厉害有多种原因，要根据具体情况采取相应措施，包括改善环境、治疗疾病等，严重时要及时就医。