宝宝凌晨咳嗽剧烈的原因可能有以下几点：
1.上呼吸道感染：宝宝的上呼吸道感染可能导致咳嗽。鼻腔分泌物倒流、腺样体肥大、扁桃体肥大等都可能刺激呼吸道，引起咳嗽。
2.咳嗽变异性哮喘：这是一种特殊类型的哮喘，主要表现为慢性咳嗽，通常在凌晨或夜间加重。过敏原、冷空气、运动等可能诱发咳嗽。
3.胃食管反流：胃酸反流到食管和喉部，可刺激咳嗽感受器，引起咳嗽。宝宝可能会在仰卧位、进食后或夜间出现咳嗽。
4.过敏：宝宝对空气中的过敏原（如花粉、尘螨、动物毛发等）过敏，可能导致咳嗽。过敏还可能伴有打喷嚏、流鼻涕等症状。
5.其他原因：百日咳、气管支气管炎、心血管疾病等也可能引起宝宝凌晨咳嗽剧烈。
如果宝宝经常出现凌晨咳嗽剧烈的情况，建议及时就医，进行详细的检查和诊断。医生可能会根据具体情况进行相应的治疗，如使用止咳药、抗过敏药、抗感染药等。同时，家长可以采取以下措施来缓解宝宝的咳嗽：
1.保持室内空气湿润，可使用加湿器。
2.给宝宝多喝水，有助于缓解咳嗽。
3.避免宝宝接触过敏原。
4.调整宝宝的睡姿，可尝试侧卧或抬高头部。
5.咳嗽剧烈时，可轻拍宝宝的背部，帮助咳出痰液。
需要注意的是，以上内容仅供参考。如果宝宝的咳嗽症状持续不缓解或加重，应及时就医，以便获得更专业的治疗建议。