卵圆孔未闭和房间隔缺损都是心脏方面的问题，但有明显区别。卵圆孔未闭在正常人中约有20%~25%存在，多是出生后卵圆孔未能正常闭合，但一般不引起明显症状。而房间隔缺损是胚胎时期房间隔发育不全导致的左右心房之间的异常通道，是常见的先天性心脏病之一。
解剖结构差异
卵圆孔未闭：是原始房间隔上的一个生理性通道，胎儿时期允许血液从右心房流向左心房，出生后通常在1岁内逐渐闭合，若超过3岁仍未闭合则称为卵圆孔未闭。它的缺损口一般较小，多在5毫米以下。房间隔缺损：缺损大小差异较大，可从几毫米到数厘米不等。根据缺损部位不同分为原发孔型和继发孔型等，继发孔型房间隔缺损最为常见。
临床表现不同
卵圆孔未闭：多数人无明显症状，部分人可能会有偏头痛、短暂性脑缺血发作等情况，尤其是在潜水、高空飞行等导致气压变化时，可能因右向左分流引发症状，但一般症状较轻微。房间隔缺损：缺损较小的患儿可能在婴幼儿期无明显症状，随着年龄增长，缺损较大者会出现生长发育迟缓、活动耐力差、易反复呼吸道感染等症状，年长儿可能有乏力、心悸、气促等表现，严重时会出现心力衰竭等并发症。
诊断方法有别
卵圆孔未闭：主要通过经胸超声心动图、经食管超声心动图等检查发现，经胸超声心动图发泡试验对诊断卵圆孔未闭有重要价值，通过观察微泡的右向左分流情况来判断卵圆孔是否未闭。房间隔缺损：超声心动图是主要的诊断方法，可明确缺损的部位、大小及血流情况，还可通过心脏X线检查、心导管检查等辅助诊断，心脏X线检查可见心影扩大，心导管检查能更精确测量心腔压力等指标。
治疗方式有差异
卵圆孔未闭：一般无症状的卵圆孔未闭无需特殊治疗，定期随访观察即可。但对于有相关症状如反复偏头痛且与卵圆孔未闭明确相关、有脑卒中病史等情况，可能需要进行介入封堵治疗。房间隔缺损：较小的继发孔型房间隔缺损，如缺损小于5毫米，有可能在儿童期自行闭合，可定期复查；对于较大的缺损或不能自行闭合的患儿，多需要进行介入封堵治疗或外科手术修补，以关闭缺损，恢复心脏正常结构和功能。