三个月宝宝眼睛流泪有眼屎，可能是由以下原因引起的：
1.鼻泪管堵塞：三个月以内的宝宝，鼻泪管还没有完全发育好，容易发生堵塞，导致眼泪不能正常排出，从而引起眼屎增多和流泪。这种情况通常会随着宝宝的成长逐渐改善。
2.感染：如果宝宝的眼睛受到细菌或病毒感染，也会出现流泪、眼屎增多等症状。常见的感染原因包括结膜炎、角膜炎等。
3.过敏：宝宝对某些物质过敏，如尘螨、花粉等，也可能导致眼睛流泪、眼屎增多。
4.倒睫：宝宝的睫毛可能会向内生长，刺激眼睛，导致流泪和眼屎增多。
5.其他：先天性泪囊炎、眼睑内翻等也可能导致类似症状。
针对宝宝眼睛流泪有眼屎的情况，可以采取以下措施：
1.保持眼部清洁：用温水轻轻擦拭宝宝的眼睛，去除眼屎，但要注意动作轻柔，避免损伤眼睛。
2.按摩泪囊：在医生的指导下，按摩宝宝的泪囊，帮助疏通鼻泪管。
3.使用眼药水：如果是感染引起的，医生可能会开一些眼药水来治疗。使用眼药水时，要按照医生的建议使用，注意正确的剂量和使用方法。
4.就医治疗：如果宝宝的症状持续不缓解或加重，或者出现其他异常症状，如红肿、疼痛等，应及时就医，以便明确病因并进行相应的治疗。
需要注意的是，在处理宝宝眼睛问题时，要特别小心，避免使用不洁的物品接触宝宝的眼睛。同时，如果宝宝是过敏体质，要尽量避免接触过敏原。如果对宝宝的眼睛问题有任何疑虑，最好咨询医生的意见。