三个月宝宝眼睛流泪、有眼屎，可能是由以下原因引起的，治疗方法如下：
1.结膜炎：宝宝的眼睛可能会发红、流泪，并伴有眼屎增多。可以使用生理盐水或医生开具的眼药水来清洁眼睛。同时，要注意宝宝的眼部卫生，避免揉搓眼睛。
2.泪囊炎：这是由于泪道堵塞导致的。可以通过按摩泪囊区来帮助疏通泪道，或者在医生的指导下使用抗生素眼药水。如果症状持续不缓解，可能需要进行泪道冲洗或探通术。
3.其他原因：如倒睫、过敏等也可能导致宝宝眼睛流泪、有眼屎。如果宝宝同时伴有其他症状，如咳嗽、流涕等，可能是过敏引起的，需要避免接触过敏原，并在医生的指导下使用抗过敏药物。
需要注意的是，如果宝宝的症状持续不缓解或加重，应及时就医，以便明确病因并进行相应的治疗。同时，在治疗过程中，要注意宝宝的眼部护理，保持眼部清洁，避免感染。如果宝宝是母乳喂养，妈妈应注意饮食清淡，避免食用辛辣、刺激性食物。