可通过妊娠相关激素水平变化及超声表现来判断。生化妊娠时，血人绒毛膜促性腺激素（hCG）轻度升高后很快下降，超声检查宫腔内无妊娠囊；自然流产时，hCG 有变化且超声可见宫腔内妊娠相关结构的演变等不同表现。
生化妊娠特点
血 hCG 能测到升高，但一般低于 2000IU/L，之后逐渐下降，超声看不到宫腔内孕囊。多发生在妊娠 5 周内，像年轻女性偶尔一次生化妊娠，可能是受精卵质量等因素导致，身体一般能自行恢复，无需特殊处理，但要留意下次月经情况。
自然流产表现
超声可发现宫腔内有妊娠囊等结构，随后妊娠囊排出等，hCG 也会有相应变化。若有过自然流产史的女性，再次怀孕要更关注孕期检查，注意休息等，避免不良因素影响。总之，通过监测 hCG 变化和超声检查是判断生化妊娠与自然流产的重要方法，不同情况需结合具体医学检查来准确区分。