小儿发烧39度手脚冰凉的原因主要有两个：一是体温处于上升期，二是植物神经紊乱。
一、体温处于上升期：在发热体温上升阶段，孩子末梢循环变差，从而出现手脚发凉现象，且孩子会有寒战、畏寒的表现。对此可采取以下解决方法。
1.在医生指导下使用退热药物，比如布洛芬类退烧药或对乙酰氨基酚类退烧药，若口服药物困难或有明显呕吐而无法正常进食时，可选择布洛芬栓或对乙酰氨基酚栓。
2.家长可为孩子进行物理降温，用温水擦拭腋窝、腘窝、腹股沟等部位，也可给孩子洗温水澡或进行额头冷敷。
二、植物神经紊乱：因发热导致调节周围血管的植物神经发生紊乱，造成周围血管痉挛收缩、闭塞，血供减少，进而引起手脚冰冷。具体解决办法如下。
1.应适当给手脚捂热以促进血管打开，可在医生指导下通过药物控制体温，如使用布洛芬降温。
2.注意做好手脚的保温工作，比如用热水泡手泡脚，或者在局部给孩子盖好被子，做好保暖，这样既能起到退烧作用，又能缓解手脚冰凉情况。
总之，当小儿发烧39度且手脚冰凉时，要根据具体情况采取相应的措施来缓解症状和控制体温。