慢性扁桃体炎的治疗方法需根据病情程度等因素来定。一般来说，轻度慢性扁桃体炎可以通过保守治疗等方式处理，而严重反复发作者可能需要手术治疗。
一般治疗方面
口腔卫生维护： 要养成良好的口腔卫生习惯，每天早晚认真刷牙，饭后可以用清水或淡盐水漱口，保持口腔清洁，这样能减少细菌在扁桃体部位的滋生，有助于减轻慢性扁桃体炎的症状。比如每天早晚刷牙时间各不少于3分钟，饭后漱口尽量保证把口腔内的食物残渣清理干净。增强体质： 平时要注意加强锻炼，像慢跑、游泳等有氧运动，每周坚持3~5次，每次运动30分钟左右，通过运动来提高身体的抵抗力，从而降低慢性扁桃体炎发作的几率。同时，也要保证充足的睡眠，成年人每天尽量保证7~8小时的睡眠时间，让身体得到充分休息，有利于身体机能的恢复和免疫力的维持。
药物治疗方面
抗生素应用： 当慢性扁桃体炎急性发作时，可能需要使用抗生素来控制感染。常用的抗生素有青霉素类，如阿莫西林等，如果患者对青霉素过敏，还可以选用头孢类抗生素，像头孢克洛等。但使用抗生素一定要在医生的指导下进行，不能自行随意用药。局部用药： 可以使用一些局部的含漱液，比如复方硼砂含漱液，它能起到杀菌、消炎的作用，缓解咽部不适的症状。一般每天含漱3~4次，每次含漱10~15分钟左右。还有一些局部喷雾制剂，也可以辅助减轻扁桃体的炎症反应，但同样需要在医生的指导下正确使用。
手术治疗方面
手术指征： 如果慢性扁桃体炎反复急性发作，每年发作4~5次及以上；或者扁桃体过度肥大，影响呼吸、吞咽和发声功能；又或者已经成为引起其他脏器病变的病灶，如风湿性心脏病、肾炎等，这时候就需要考虑手术治疗。一般来说，手术年龄通常建议在5岁以后，但也需要根据个体的具体情况由医生来综合评估是否适合手术。术后注意事项： 手术之后要注意伤口的护理，术后24小时内可以适当冷敷，减轻疼痛和肿胀；术后要吃一些温凉、易消化的食物，比如米粥、软面条等，避免吃辛辣、刺激性食物以及过硬的食物，防止刺激伤口。同时要注意观察伤口的出血情况，如果发现伤口有明显出血或者疼痛剧烈等异常情况，要及时告知医生进行处理。