孕酮低可能由多种原因造成。一般来说，女性体内孕酮主要由卵巢黄体分泌，若黄体功能不全，就可能导致孕酮分泌不足，约占孕酮低原因的30%左右；另外，内分泌失调也是常见因素，比如甲状腺功能减退等疾病，会影响激素的正常调节，进而影响孕酮水平；还有一些情况是胚胎因素，怀孕早期如果胚胎发育异常，也可能引起孕酮低，大约有20% - 30%的自然流产与孕酮低有关。
黄体功能不全导致孕酮低
卵巢自身问题： 卵巢的黄体细胞如果发育不良，就会使得黄体分泌的孕酮量不足。正常情况下，黄体形成后才会大量分泌孕酮来维持妊娠初期的稳定，如果黄体发育欠佳，孕酮分泌自然就少。激素调节异常： 体内促卵泡生成素、促黄体生成素等激素水平异常，会影响黄体的正常功能，从而导致孕酮分泌不足。比如促黄体生成素分泌不足时，黄体不能正常成熟，就无法产生足够的孕酮。
内分泌失调引发孕酮低
甲状腺功能减退： 甲状腺是重要的内分泌器官，当甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌减少，会影响到下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的功能，进而影响孕酮的合成与分泌。研究发现，约有10% - 15%的甲状腺功能减退患者会出现孕酮低的情况。多囊卵巢综合征： 患有多囊卵巢综合征的女性，体内激素失衡，雄激素水平升高，会干扰排卵和黄体的正常功能，使得孕酮分泌低于正常水平。这类患者中约有20% - 25%存在孕酮低的现象。
胚胎因素致孕酮低
胚胎发育异常： 怀孕早期如果胚胎本身存在染色体异常等问题，会影响胎盘的正常发育，而胎盘是分泌孕酮的重要场所之一，胚胎异常就可能导致孕酮分泌不足。大约在怀孕前3个月内，因胚胎异常引起孕酮低进而流产的占比较高。胎盘功能不良： 胎盘功能出现问题时，也会影响孕酮的分泌。比如胎盘绒毛膜细胞病变等情况，会使胎盘分泌孕酮的能力下降，从而导致孕酮水平偏低。