畸胎瘤的形成原因目前尚未完全明确，一般认为与以下因素有关。首先是生殖细胞异常分化，在胚胎发育过程中，生殖细胞的分化出现差错，就可能逐渐形成畸胎瘤。
遗传因素相关
部分遗传综合征关联： 一些遗传性综合征可能增加患畸胎瘤的风险。例如，皮 - 杰综合征（Peutz - Jeghers syndrome）患者发生卵巢畸胎瘤的几率相对较高。有研究发现，这类遗传综合征存在特定的基因变异，影响了细胞的正常分化和发育调控，从而使畸胎瘤的发生几率上升。家族聚集性倾向： 如果家族中有亲属患过畸胎瘤，那么家族中其他人患畸胎瘤的相对风险可能会有所增加。虽然具体的遗传传递方式还不完全清晰，但基因层面的某些相似性可能在其中起到一定作用。不过，这并不意味着有家族史就一定会患畸胎瘤，只是相对风险有所提升。
胚胎发育时期因素
原始生殖细胞异位： 在胚胎发育早期，原始生殖细胞的迁移过程出现异常，导致原始生殖细胞异位定植。这些异位的原始生殖细胞在后续的发育过程中，有可能分化形成畸胎瘤。比如，原始生殖细胞本该迁移到生殖嵴部位形成正常的生殖器官相关细胞，但部分迁移到了其他部位，就可能在这些异常部位逐渐发展为畸胎瘤。胚胎期组织分化紊乱： 在胚胎发育的关键时期，由于某些未知因素影响，组织分化出现紊乱情况。正常的组织分化过程被打乱，导致一些具有多种分化潜能的细胞没有按照正常的路径发育，而是聚集形成了畸胎瘤。这种组织分化紊乱可能与胚胎发育时受到的一些外界不良因素刺激有关，不过具体的刺激因素目前还不十分明确。
内分泌因素影响
激素水平异常： 体内激素水平的异常变化可能对畸胎瘤的形成产生影响。例如，雌激素水平的波动可能干扰生殖细胞的正常分化和发育。有研究发现，在一些卵巢畸胎瘤患者体内，雌激素的代谢和调节存在一定异常。过高或过低的雌激素水平都可能打破生殖细胞分化的平衡状态，使得具有多向分化潜能的细胞异常增殖分化，进而形成畸胎瘤。促性腺激素影响： 促性腺激素在生殖细胞的发育和调控中起着重要作用。当促性腺激素的分泌出现异常时，可能会影响原始生殖细胞的正常分化和成熟过程。比如，促卵泡生成素（FSH）和促黄体生成素（LH）的失衡，可能导致生殖细胞的分化方向出现偏差，增加畸胎瘤形成的可能性。但具体的激素水平变化与畸胎瘤形成之间的精确机制还需要进一步深入研究来阐明。