川崎病的病因目前尚未完全明确，但研究发现可能与多种因素相关。目前认为川崎病可能是在遗传易感性基础上，由感染因素触发机体的异常免疫反应所导致。
感染因素相关
病毒感染： 有研究提示，多种病毒可能与川崎病的发病有关，比如逆转录病毒、EB病毒等。不过具体的感染机制还在进一步探索中，病毒感染后可能会影响机体的免疫系统，从而诱发川崎病相关的炎症反应。细菌感染： 部分研究也关注到某些细菌感染可能参与川崎病的发病过程，像链球菌等细菌感染后，可能通过类似的免疫激活途径，引发机体的异常免疫应答，进而导致川崎病的发生。
遗传易感性方面
基因因素： 研究发现，某些基因的多态性与川崎病的易感性相关。例如，一些参与免疫调节的基因，若存在特定的基因变异，可能会使个体更容易在受到外界因素刺激时发生异常的免疫反应，增加患川崎病的风险。不同种族人群中川崎病的发病率存在差异，也从侧面提示了遗传因素在其中的作用，比如亚裔人群中川崎病的发病率相对较高，可能与该种族特定的基因背景有关。
免疫异常机制
免疫系统过度激活： 在川崎病患者体内，免疫系统会出现过度激活的情况。例如，T淋巴细胞、B淋巴细胞等免疫细胞会被异常激活，导致大量炎症因子的释放，如白细胞介素 - 1、白细胞介素 - 6、肿瘤坏死因子等。这些炎症因子会引起血管的炎症反应，进而导致川崎病患者出现发热、皮疹、血管炎等一系列临床表现。血管炎症反应： 过度激活的免疫系统引发的炎症反应会累及全身的中小血管，尤其是冠状动脉等重要血管。血管内膜会出现肿胀、炎症细胞浸润等情况，长期发展可能会导致冠状动脉扩张、动脉瘤形成等严重并发症，这也是川崎病需要重视的重要原因之一，因为冠状动脉病变可能会影响心脏的正常功能。