川崎病的病因目前尚未完全明确，但研究发现可能与以下因素有关。目前认为川崎病可能是由多种病原体（如病毒、细菌等）感染后，触发了机体的异常免疫反应所导致。有研究显示，川崎病在5岁以下儿童中的发病率相对较高，约占发病人群的80%左右。
感染因素相关
病毒感染方面： 多种病毒被怀疑与川崎病有关，比如逆转录病毒。有研究发现部分川崎病患儿体内存在逆转录病毒相关的基因序列，但具体机制还在进一步探索中。另外，腺病毒也被认为可能参与川崎病的发病过程，不过具体是如何通过腺病毒感染引发川崎病的免疫异常反应，还需要更多的研究来阐明。细菌感染方面： 链球菌曾被推测可能与川崎病有关。有临床观察发现，部分川崎病患儿在发病前有链球菌感染的迹象，比如咽拭子培养可能检测出链球菌，但目前还没有确凿的证据表明链球菌感染就是川崎病的直接病因，只是存在这样的关联推测。
免疫因素相关
免疫系统异常激活： 川崎病患儿的免疫系统会出现过度激活的情况。体内的T淋巴细胞、B淋巴细胞等免疫细胞会异常活化，导致大量细胞因子释放。例如白细胞介素 - 1、白细胞介素 - 6等细胞因子会大量分泌，这些细胞因子会引起全身血管的炎症反应，进而导致川崎病患儿出现发热、皮疹、黏膜炎症等一系列症状。免疫复合物参与： 机体在异常免疫反应过程中，可能会形成免疫复合物。这些免疫复合物会沉积在血管壁等部位，进一步加重血管的炎症损伤。比如沉积在冠状动脉血管壁上，就可能导致冠状动脉炎，这也是川崎病可能引起冠状动脉病变的重要免疫机制之一。
遗传因素相关
遗传易感性： 研究发现川崎病具有一定的遗传易感性。有家族聚集性的现象被观察到，如果家族中有亲属患过川崎病，那么其他家庭成员患川崎病的风险可能会相对增加。不过具体是哪些基因起作用，目前还在深入研究中。已经发现一些与免疫相关的基因可能在川崎病的遗传易感性中发挥作用，比如人类白细胞抗原（HLA）基因，不同的HLA基因型可能与川崎病的发病风险相关，但具体的关联机制还需要更多的遗传学研究来揭示。