宝宝发生肛瘘通常难以自愈，需尽快以手术方式治疗，以防症状加重。临床上主要通过以下几种手术方法来治疗：
一、瘘管切开术：目的是切开肛周的瘘管，降低肛瘘反复引发肛周感染、肛周脓肿的风险。
二、肛瘘挂线术。
三、肛瘘切除术：将瘘管切除。
因手术伤口刺激，宝宝术后可能出现大便次数增多现象，所以家长要及时清洁肛周皮肤，保持其清洁干燥，避免术后感染。
宝宝肛瘘最常见的诱因是肛周脓肿，若肛腺感染后，其内分泌物排出不畅，合并脓肿还会导致感染扩散。而肛管后侧是肛腺相对集中且排大便时冲击力最大的区域，所以临床上该区域肛腺感染最为常见，肛周脓肿成脓后若破溃，脓液流出，脓腔随之缩小，进而形成肛瘘。为此，宝宝在日常生活中要保持肛周清洁、干燥，便后用温开水冲洗，若肛周皮肤有伤口可使用碘伏消毒，以防出现肛瘘。
总之，宝宝肛瘘一般不自愈需手术治疗，要注意术后护理和日常肛周护理。