睡眠呼吸暂停低通气综合症的原因有多种。一般来说，肥胖是一个重要因素，据统计，约70%-80%的睡眠呼吸暂停低通气综合症患者存在肥胖问题，体重指数（BMI）大于30kg/㎡的人群患病风险显著升高。
一、上气道解剖结构异常
鼻腔阻塞： 如鼻息肉、鼻甲肥大等鼻腔病变，会导致鼻腔通气不畅，影响呼吸，进而增加睡眠呼吸暂停低通气综合症的发生风险。例如鼻息肉患者，增生的息肉占据鼻腔空间，使空气进出受阻。咽部狭窄： 扁桃体肥大、软腭松弛下垂等咽部问题也会引发上气道狭窄。扁桃体过度肥大时，会堵塞咽部通道，在睡眠时气体通过受阻，容易出现呼吸暂停或低通气现象。
二、呼吸系统疾病影响
慢性阻塞性肺疾病（COPD）： COPD患者由于气道狭窄、气流受限，本身就存在呼吸功能障碍，在睡眠时这种情况可能会加重，从而诱发睡眠呼吸暂停低通气综合症。研究发现，约有30%-40%的COPD患者合并睡眠呼吸暂停低通气综合症。哮喘： 哮喘患者在发作时气道痉挛、分泌物增多，虽然在发作期外也可能存在气道高反应性等问题，影响睡眠时的正常呼吸，增加睡眠呼吸暂停低通气综合症的发病几率。
三、神经系统因素
中枢神经系统病变： 如脑血管意外、颅脑外伤等导致中枢神经系统功能异常，会影响呼吸中枢对呼吸的调控，使得睡眠时呼吸节律紊乱，引发睡眠呼吸暂停低通气综合症。比如脑血管意外患者，可能因为脑部损伤影响了呼吸相关神经的正常功能。神经肌肉疾病： 像重症肌无力等神经肌肉疾病，会导致呼吸肌力量减弱或功能障碍，在睡眠时难以维持正常的上气道开放状态，容易出现呼吸暂停或低通气情况。