儿童扁桃体肥大的治疗方法需根据具体情况而定，一般来说，轻度扁桃体肥大可先观察，中重度肥大可能需要药物或手术治疗。比如，对于因感染引起的扁桃体肥大，抗感染治疗是关键。
观察等待策略
如果儿童扁桃体肥大程度较轻，没有明显的通气障碍、打鼾等症状，可采取观察等待的策略。家长要注意让孩子适当休息，保证充足的睡眠，多喝水，保持室内空气流通。一般每3 - 6个月需带孩子到医院复查一次，观察扁桃体肥大的变化情况。比如孩子只是偶尔因轻度上呼吸道感染出现扁桃体轻度充血肿大，无其他严重不适，可先通过增强免疫力等方式观察。
药物治疗情况
抗感染药物
如果扁桃体肥大是由细菌感染引起，如A组乙型溶血性链球菌感染，可使用抗生素治疗。常用的抗生素有青霉素类，如阿莫西林等。但要注意，必须在医生指导下使用，根据孩子的体重等情况确定合适的剂量。如果是病毒感染引起的扁桃体肥大，一般不需要使用抗生素，可采用对症治疗，如使用清热解毒的中成药，像小儿咽扁颗粒等，这些药物能缓解扁桃体充血、肿大引起的不适症状，但也需在医生建议下使用。
局部用药
局部可使用含漱液，如复方硼砂含漱液，帮助清洁口腔，减轻扁桃体局部的炎症反应。但要注意，3岁以下儿童使用含漱液需谨慎，避免误咽。
手术治疗情况
当儿童扁桃体肥大出现严重的临床症状时，如长期反复打鼾、呼吸暂停、吞咽困难、影响语言发育等，经过规范的保守治疗无效后，可考虑手术治疗。手术一般采用扁桃体切除术，目前多采用低温等离子射频消融术等微创方式，相对传统手术创伤小，术后恢复较快。但手术也有一定的适应证和禁忌证，比如孩子存在凝血功能障碍、严重心肺疾病等情况时不适合手术。一般建议6岁以上、扁桃体肥大严重影响生活质量的儿童可考虑手术。