胃肠功能紊乱的症状多样，常见的有消化系统方面的表现。比如部分患者会出现腹痛，疼痛程度不一，时间也不固定，可能持续几分钟到几小时不等。
消化系统症状表现
腹痛： 疼痛部位不固定，多在脐周，程度轻重不一，有的患者疼痛较为轻微，仅感觉腹部有不适感，有的则疼痛较明显，影响日常生活。腹胀： 患者会自觉腹部胀满，尤其在进食后更为明显，有时能看到腹部膨隆。恶心呕吐： 部分胃肠功能紊乱的患者会出现恶心症状，严重时可能伴有呕吐，呕吐物多为胃内的容物。
全身症状表现
精神方面： 患者可能会出现焦虑、抑郁等情绪问题，约有30% - 50%的胃肠功能紊乱患者伴有不同程度的精神心理异常。比如总是莫名感到紧张、情绪低落等。睡眠障碍： 很多患者会出现睡眠问题，入睡困难、多梦、易醒等情况较为常见，长期的睡眠障碍又可能会进一步加重胃肠功能紊乱的症状，形成恶性循环。
其他表现
排便异常： 有的患者会出现腹泻，大便次数增多，每天可达3 - 5次甚至更多，大便性状较稀；也有的患者会出现便秘，排便困难，排便间隔时间延长，有的一周仅排便1 - 2次。还有的患者会出现腹泻与便秘交替的情况。