射精时阴茎根部疼痛可能由多种原因引起，包括心理障碍、性生活过度、前列腺炎等，患者需根据不同病症在医生指导下选择不同的治疗方法。同时要注意卫生，尽量穿棉质宽松衣物，如有不适及时就医，以免延误病情。
一、心理障碍：
1.当患者在性生活时心理压力较大、精神高度紧张，就会引发外阴部肌肉痉挛收缩，进而导致在射精时阴茎根部出现疼痛。这种情况下患者应放松心态，保持心情舒畅，通常症状在休息后可自行缓解。
二、性生活过度：
1.过度进行性生活会使阴茎根部、射精管出现炎症感染并充血。而射精时平滑肌收缩会对充血部位产生刺激，从而引发疼痛。此时患者应减少性生活的次数。
2.若炎症较为严重，可以在医生指导下口服阿莫西林、头孢地尼等药物进行治疗。
三、前列腺炎：
1.若性生活中不注意个人卫生，可能会增加前列腺发生炎症感染的几率。在炎症的刺激下，局部肌肉收缩会加强，从而导致阴茎疼痛。
2.患者可以在医生指导下口服前列康舒胶囊、左氧氟沙星片等药物进行治疗。
此外，还可能由于睾丸炎、附睾炎、阴茎肿瘤等疾病导致该症状。如果患者不注意清洁卫生，会使阴茎根部滋生细菌，若不及时治疗，炎症感染严重时可能形成肿瘤。肿瘤增长会对输精管造成压迫，从而在射精时产生疼痛感。若肿瘤较小，可以在医生指导下口服西黄丸、布洛芬等药物进行治疗；若肿瘤较大，则需到正规医院进行手术切除。
总之，当出现射精时阴茎根部疼痛的情况，应及时查找原因并采取相应的治疗措施，同时要重视个人卫生和生活习惯的调整。