多囊卵巢综合征的病因目前尚未完全明确，可能与遗传因素和环境因素共同作用有关。据研究，约60%~70%的患者存在遗传易感性。
遗传因素方面
家族遗传倾向： 如果家族中有亲属患有多囊卵巢综合征，那么女性成员患病的风险会增加。研究发现，遗传因素在多囊卵巢综合征的发病中占比较大，可能是多基因遗传方式。比如，如果母亲患有多囊卵巢综合征，其女儿患多囊卵巢综合征的概率比正常人群要高很多。特定基因变异： 某些特定基因的变异与多囊卵巢综合征的发生相关。例如，编码胰岛素受体底物 - 1等基因的变异，可能影响胰岛素的作用，进而参与多囊卵巢综合征的发病过程。
环境因素方面
生活方式影响： 长期高热量饮食、缺乏运动等不良生活方式是诱发多囊卵巢综合征的重要环境因素。比如，长期摄入高糖、高脂肪食物，会导致体重增加，而肥胖是多囊卵巢综合征的常见伴随症状之一，肥胖又会进一步影响内分泌代谢，加重多囊卵巢综合征的病情。一般来说，体重指数（BMI）超过25的人群，患多囊卵巢综合征的风险明显高于BMI正常的人群。心理因素： 长期精神紧张、压力过大等心理因素也可能对多囊卵巢综合征的发病产生影响。长期处于高压力状态下，会影响下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的正常功能，导致激素分泌紊乱，增加患病几率。
内分泌代谢紊乱方面
下丘脑 - 垂体功能异常： 下丘脑分泌的促性腺激素释放激素（GnRH）脉冲频率异常，会影响垂体分泌促卵泡生成素（FSH）和促黄体生成素（LH）的比例。正常情况下，FSH与LH的比例相对稳定，而多囊卵巢综合征患者往往出现LH分泌增多，FSH相对不足，LH/FSH比值升高，这种比值的改变会影响卵泡的正常发育和排卵。胰岛素抵抗： 约50%~70%的多囊卵巢综合征患者存在胰岛素抵抗。胰岛素抵抗是指机体对胰岛素的敏感性降低，为了维持正常的血糖水平，胰岛β细胞会分泌更多的胰岛素，导致高胰岛素血症。高胰岛素血症又会刺激卵巢分泌过多的雄激素，进而出现多毛、痤疮等症状，同时还会影响卵泡的发育和排卵，加重多囊卵巢综合征的病情。