头疼时做CT还是磁共振，需要根据具体情况来决定，以下是一些需要考虑的因素：
1.病因：
脑出血、脑梗死等脑血管疾病：CT对这些疾病的诊断更为敏感，尤其是在发病初期。
肿瘤：磁共振对脑部肿瘤的诊断更具优势，可以提供更详细的组织结构信息。
炎症、脱髓鞘病变：磁共振在检测这些病变方面可能更有帮助。
颅骨骨折、脑积水等：CT可以更清楚地显示颅骨和脑部结构。
2.症状和病史：
突然发作的剧烈头疼、伴有呕吐或意识障碍：可能是脑血管意外，CT是首选检查。
头疼逐渐加重、慢性病程：磁共振可能更适合，以排除肿瘤等潜在疾病。
有头部外伤史：CT可用于检查颅骨和脑部是否有骨折、血肿等。
长期头疼、伴有其他神经系统症状：磁共振可能更有助于明确病因。
3.其他因素：
对造影剂的过敏史：如果需要进行增强磁共振检查，需要考虑是否对造影剂过敏。
幽闭恐惧症：磁共振检查需要在封闭的磁体室内进行，幽闭恐惧症患者可能会感到不适。
身体状况：患有严重心脏病、幽闭恐惧症、体内有金属植入物等情况时，选择检查方法需要谨慎。
综上所述，头疼时选择CT还是磁共振，应根据具体情况咨询医生。医生会根据头疼的特点、病史、其他症状以及个人情况等因素，综合考虑后做出最合适的检查建议。在某些情况下，可能需要同时进行CT和磁共振检查，或者进一步进行其他检查以明确诊断。早期诊断和治疗对于头疼的病因确定和治疗非常重要。