头疼时做CT检查还是磁共振检查，需要根据具体情况来决定。以下是一些需要考虑的因素：
1.病因：
脑出血、脑梗死等脑血管疾病：磁共振检查对这些疾病的诊断更敏感。
头部外伤：CT检查可以更快速地发现是否有颅骨骨折、颅内血肿等。
肿瘤：磁共振检查对脑部肿瘤的诊断更有优势，可以提供更详细的信息，如肿瘤的位置、大小、形态等。
炎症、感染：磁共振检查对于脑炎、脑膜炎等疾病的诊断也有一定帮助。
其他情况：如蛛网膜下腔出血、脑积水等，CT或磁共振检查都可能有帮助。
2.症状和病史：
头疼的性质、发作频率、持续时间等特点。
是否有其他神经系统症状，如肢体无力、麻木、言语不清、抽搐等。
既往病史，如高血压、糖尿病、脑血管疾病等。
3.检查的优势和局限性：
CT检查速度快，对颅骨和钙化灶的显示较好，但对于软组织的分辨力不如磁共振。
磁共振检查对软组织的分辨力高，可以多方位成像，但检查时间较长，对幽闭恐惧症患者可能不太适合，且体内有金属植入物的患者需要提前告知医生。
4.医生的建议：
医生会根据患者的具体情况进行综合评估，包括症状、病史、检查目的等，然后给出建议。
在某些情况下，可能需要同时进行CT和磁共振检查，或者其他进一步的检查，如血管造影等。
综上所述，头疼时做CT还是磁共振检查，应由医生根据具体情况进行判断。如果对头疼的原因存在疑虑，或症状持续不缓解，应及时就医，以便获得准确的诊断和治疗。此外，在进行任何检查前，患者应与医生充分沟通，了解检查的风险和注意事项。