HPV疫苗第三针最晚超过多久打有效，与疫苗种类有关，具体如下：
1.二价HPV疫苗：可预防由HPV16和HPV18型病毒感染。超过26周岁的女性，不推荐接种该疫苗，所以不存在最晚接种时间。对于26周岁以下的女性，第三针最晚可以在第一针接种后的8个月内完成。
2.四价HPV疫苗和九价HPV疫苗：可预防HPV6、11、16、18型病毒感染。超过26周岁的女性，不推荐接种该疫苗，所以不存在最晚接种时间。对于26周岁以下的女性，第三针最晚可以在第一针接种后的6个月内完成。
需要注意的是，HPV疫苗的接种时间是经过临床试验验证的，延迟接种可能会影响疫苗的效果。因此，建议尽量按照规定的时间接种疫苗。如果因为某些原因无法按时接种，应尽快咨询医生，了解是否需要重新调整接种计划。此外，接种HPV疫苗不能替代宫颈癌筛查，建议定期进行宫颈癌筛查，以早期发现和治疗宫颈癌前病变。