牙周炎的药物治疗主要是辅助控制炎症，一般会使用抗生素类药物等。常见用于牙周炎辅助治疗的药物有甲硝唑，它能抑制厌氧菌生长，对牙周炎常见的厌氧菌有较好的抑制作用；还有阿莫西林，可与甲硝唑联合使用，增强抗菌效果。
局部用药情况
局部含漱剂： 氯己定含漱液是常用的局部含漱药物，它能有效抑制菌斑形成，减少牙龈炎症，一般每天含漱2 - 3次，每次10 - 15毫升，使用时间通常为1 - 2周。局部涂布药物： 米诺环素凝胶可局部应用于牙周袋内，它能缓慢释放药物，持续发挥抗菌作用，对牙周炎的致病菌有抑制效果，一般每周使用1 - 2次。
全身用药情况
抗生素联合用药： 对于中重度牙周炎患者，常采用联合用药，如甲硝唑联合阿莫西林。甲硝唑针对厌氧菌，阿莫西林覆盖革兰阳性菌等，两者协同控制感染，但用药前需询问患者过敏史，青霉素过敏者不能用阿莫西林。四环素类药物： 多西环素也可用于牙周炎的全身治疗，它能抑制胶原酶活性，减少骨吸收，一般每天服用1 - 2次，每次剂量根据病情而定，但需注意可能引起胃肠道不适等不良反应。
特殊人群用药注意
孕妇： 孕妇患牙周炎时用药需谨慎，一般尽量避免全身使用抗生素，可先选择局部治疗，如局部冲洗等。若必须全身用药，需在医生评估后，选择对胎儿影响小的药物。老年人： 老年人常伴有其他基础疾病，在使用牙周炎药物时要注意药物相互作用。比如同时服用抗凝药物的老年人使用甲硝唑等药物时，需密切监测凝血功能，因为甲硝唑可能影响凝血功能。