治疗牙周炎的药物主要有抗菌药物等。一般来说，局部使用的抗菌药物能直接作用于牙周病变部位。
局部抗菌药物
龈上局部用药： 比如3%过氧化氢溶液，它可以释放新生态氧，有抗菌、除臭的作用，能清洁龈沟等部位。还可以使用碘甘油，其中的碘有杀菌、收敛作用，能缓解牙周炎症。龈下局部用药： 米诺环素凝胶是常用的龈下局部抗菌药物，它能缓慢释放药物，持续发挥抗菌作用，对引起牙周炎的常见致病菌有抑制效果。
全身抗菌药物
抗生素类： 阿莫西林是常用的全身抗生素，它属于青霉素类抗生素，可用于治疗由敏感菌引起的牙周炎，但使用前需要确认患者不对青霉素过敏。甲硝唑也是常用的，它对厌氧菌有较好的抗菌作用，能有效改善牙周炎患者的症状，但孕妇及哺乳期妇女禁用。硝基咪唑类： 替硝唑也属于硝基咪唑类药物，抗菌谱与甲硝唑相似，不良反应相对较少，但同样需要注意孕妇及哺乳期妇女的禁忌。
辅助药物
非甾体抗炎药： 布洛芬可以缓解牙周炎引起的疼痛和肿胀，它通过抑制环氧化酶的活性，减少前列腺素合成，从而发挥抗炎、镇痛作用。不过，有消化道溃疡病史的患者要慎用。补肾固齿的中药制剂： 比如补肾固齿丸，它可以辅助治疗牙周炎，通过补肾固齿等作用来改善牙周健康状况，但使用时要在医生指导下，根据个人体质等情况合理应用。