附件囊肿的治疗需根据囊肿的性质、大小、患者症状等因素来定。一般来说，较小的、无症状的附件囊肿可能会自行消退，而较大或有症状的可能需要干预。
观察等待情况
无症状小囊肿： 如果附件囊肿直径小于5厘米，且患者没有明显症状，医生可能会建议定期复查，通常每3 - 6个月做一次超声检查，观察囊肿的变化情况。比如一些生理性囊肿，像滤泡囊肿或黄体囊肿，有自行消失的可能。生理性囊肿为主： 女性在月经周期中出现的生理性附件囊肿比较常见，这类囊肿往往会在几个月经周期内自然消退，所以对于这种情况，密切观察是主要的处理方式。
药物治疗方面
抗炎药物： 如果附件囊肿是由炎症引起的，可能会使用抗炎药物。但具体药物需根据炎症的病原体等情况由医生选择，比如细菌性炎症可能会用到抗生素类药物来控制炎症，从而可能使囊肿缩小。不过药物治疗不是对所有附件囊肿都有效。激素类药物： 对于一些与激素相关的附件囊肿，可能会考虑使用激素类药物来调节激素水平，进而影响囊肿的生长。但激素类药物使用需要严格遵循医嘱，因为可能会有一些副作用。
手术治疗情况
囊肿较大或持续存在： 当附件囊肿直径大于5厘米，或者观察一段时间后囊肿持续存在甚至有增大趋势，就可能需要手术治疗。手术方式有多种，如腹腔镜手术，这是一种微创手术，创伤小，恢复快。怀疑恶性病变： 如果附件囊肿怀疑有恶性病变的可能，那么必须进行手术治疗，通过手术切除囊肿，并进行病理检查以明确诊断，后续根据病理结果进一步制定治疗方案。